En dicho cargo, coordinó los grupos de tareas así como los 21 centros clandestinos de detención pertenecientes al conocido como Circuito Camps, por el general de brigada Ramón Camps, en la provincia de Buenos Aires. Fue responsable, entre los casos más emblemáticos, de la conocida como la «Noche de los Lápices», donde fueron secuestrados, torturados y desaparecidos estudiantes secundarios que reclamaban por un «boleto escolar».
Asimismo, aunque nunca se pudo comprobar el nexo, se cree que tuvo algo que ver con la segunda desaparición de Jorge Julio López en plena democracia, cuyo paradero es un misterio desde hace 15 años. Precisamente, López testimonió contra Etchecolatz en el primer juicio que se hizo tras la derogación de las leyes de Obediencia Debida y Punto Final.
El represor purgaba otras 8 perpetuas por delitos de lesa humanidad mediante sentencias dictadas en 1986, 2004, 2006, 2014, 2016, 2018, 2020 y 2021. En 2022 recibió su novena condena a perpetua junto al expolicía Julio César Garachico por los secuestros y torturas de 7 personas, entre ellas el albañil Jorge Julio López, y los asesinatos de 4 de víctimas, entre las cuales está Francisco López Muntaner, uno de los estudiantes secuestrados en el episodio conocido como La Noche de los Lápices.
En junio de este año la Cámara Federal de Casación le otorgó la prisión domiciliaria basándose en los problemas de salud. Etchecolatz tenía antecedentes de “HTA, ACV isquémico, Ex TBQ, deterioro cognitivo, insuficiencia cardíaca, insuficiencia venosa, HPB, diverticulosiscolónica”, según reveló el Cuerpo Médico Forense. Sin embargo, al haber sido autor de crímenes de lesa humanidad, murió en una cárcel común.